在线升级也是要将程序修改文件覆盖下载到你的服务器上的。每次升级不单是对bug进行修复，还会对模板样式进行美化和优化，所以很多css文件和模板html文件都会有修改，如果不进行覆盖替换可能会操作网页错位。
您可以将自己定制修改的文件单独备份一下，升级后将自己修改过的文件覆盖回去即可。